Desde que Hipócrates considerara por primera vez al intestino como una fuente vital de salud, se han identificado miles de tipos de microbios intestinales.
Se ha demostrado que hay muchísimas patologías asociadas a desórdenes en la microbiota intestinal, siendo el origen de muchas enfermedades y desequilibrios de la salud.
Algunos ejemplos son: acné, anorexia nerviosa (por baja diversidad de microorganismos), adicciones, sirrosis hepática en relacion al alcohol, asma y alergias, ateroesclerosis, dermatitis atópica, autismo, vaginosis bacterianas, diarrea, cáncer rectal, fibrosis quística, caries, desnutrición, obesidad, osteoporosis, párkinson, depresión, diabetes tipo 1 y 2.